Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyası Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 1998-ci il 1 dekabr tarixli Sərəncamı ilə yaradılmışdır.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 20 dekabr 2005-ci il tarixli Fərmanı ilə Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyasına xalqımızın Ümummilli Lideri Heydər Əliyevin adı verilmişdir.Akademiya - Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi orqanları kadrlarının peşə hazırlığını, yüksək ixtisaslı xüsusi ali təhsilli mütəxəssislərin, eləcə də, Dövlət Sərhəd Xidməti üçün sərhədçi zabitlərin və sərhəd nəzarətçilərinin hazırlanmasını həyata keçirən ali hərbi tədris müəssisəsidir. Akademiyanın nəzdində fəaliyyət göstərən miqrasiya məsələləri üzrə Təlim Mərkəzində Dövlət Sərhəd Xidməti, həmçinin, digər nazirlik və komitələr üçün kadrların hazırlanması kursları və seminarlar təşkil edilir. Akademiyada tədris milli təhlükəsizlik orqanlarında və Dövlət Sərhəd Xidmətində uzun illər xidmət etmiş təcrübəli kadrlar və elm xadimləri tərəfindən həyata keçirilir. Bu da kursant və dinləyicilərin gələcək xidməti fəaliyyəti üçün zəruri nəzəri biliklər almasını və xüsusi hazırlığını təmin edir. Eyni zamanda, Akademiyada xüsusi fənlər üzrə mühazirələr oxumaq və praktiki dərslər aparmaq məqsədi ilə MTN-in rəhbər işçiləri və yüksək ixtisaslı mütəxəssisləri tədris prosesinə cəlb olunurlar. Akademiyanın elmi-tədris fəaliyyətinə nəzəri və praktiki rəhbərliyi Elmi Şura həyata keçirir. Akademiyada bütün ixtisaslar üzrə tədris-metodiki və elmi-tədqiqat işləri aparılır. Gələcəkdə elmi potensialın daha da artırılması, elmi-tədqiqat işlərinin təşkili və istiqamətləndirilməsi üçün aspirantura və doktoranturanın yaradılması nəzərdə tutulur. Akademiya tərəfindən respublikanın əlaqədar nazirlikləri, komitələri, ali təhsil müəssisələri, habelə bir sıra xarici ölkələr və beynəlxalq təşkilatlarla işgüzar əlaqələrə əsaslanan faydalı əməkdaşlıq qurulmuşdur. Elmi-pedaqoji kollektiv tərəfindən hazırlanmış tədris vəsaitlərinin nəşrini təmin etmək üçün  müasir poliqrafiya avadanlığı ilə təchiz edilmiş nəşriyyat bazası yaradılmışdır. Akademiyada zəngin kitab fonduna malik xüsusi və ümumi kitabxanalar fəaliyyət göstərir. Dərslər müasir tələblərə cavab verən tədris korpuslarında aparılır. Tədris prosesinin yüksək səviyyədə təmin edilməsi üçün müasir kompüterlər, audio-video texnika, proyektorlar, stendlərlə təchiz edilmiş xüsusi auditoriyalar, kabinetlər, kompüter zalları, eləcə də zəruri avadanlıq, habelə trenajorlar quraşdırılmış idman zalları və meydançaları kursant və dinləyicilərin ixtiyarına verilmişdir.

Akademiyaya qəbul olunmuş kursantlar dövlət təminatına götürülür, hərbi forma, gündəlik yemək və yüksək səviyyədə məişət şəraitinin yaradıldığı yataqxana ilə təmin edilirlər. Kursant və dinləyicilərin iştirakı ilə mədəni-kütləvi tədbirlərin keçirilməsi üçün Akademiyada yüksək səviyyəli tərtibata və müasir audio-video qurğulara malik klub istifadəyə verilmişdir. Akademiyada təhsil alan hər bir kursanta aylıq təqaüd verilir. Təhsildə yüksək müvəffəqiyyət qazanan, elmi-yaradıcılıq fəaliyyəti ilə məşğul olan və Akademiyanın ictimai həyatında fəal iştirak edən əlaçı kursantlar üçün Heydər Əliyev adına təqaüd təsis edilmişdir. Təhsil müddətində kursantlar Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi orqanlarında və Dövlət Sərhəd Xidmətinin sərhəd dəstələrində təcrübə keçirlər. Akademiyanı bitirən kursantlara diplom və ilk zabit rütbəsi olan «leytenant» hərbi rütbəsi verilir, ixtisaslarından asılı olaraq onlar respublikanın milli təhlükəsizlik orqanlarına və ya Dövlət Sərhəd Xidmətinə təyinat alırlar.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 28 iyun 1999-cü il tarixli Sərəncamı ilə general-leytenant Ziya Məmmədiyyə oğlu Yusif-zadə Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyasının rəisi təyin edilmişdir.

Ünvan:
AZ 1029, Bakı şəhəri, Ələsgər Qayıbov küçəsi, 6.
Əlaqə telefonu: 493-24-81.