Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi Akademiyasının tərkibinə üç fakültə daxildir:

• Əməliyyat işçilərinin hazırlanması fakültəsi;
• Sərhəd qoşunları fakültəsi;
• Kadrların yenidən hazırlanması və təkmilləşdirilməsi fakültəsi.

Bu fakültələrdə 14 kafedra, o cümlədən 3 xüsusi təyinatlı kafedra, sərhəd qoşunları taktikası, mühəndis-texniki fənlər, ümumqoşun fənləri, cinayət hüququ, cinayət prosesi və kriminalistika, Konstitusiya hüququ, mülki hüquq, informasiya texnologiyaları və informasiya təhlükəsizliyi, inzibati idarəetmə, xarici dillər, ictimai-siyasi fənlər, fiziki hazırlıq kafedraları fəaliyyət göstərir.