Ekspozisiyanın bir hissəsi də Azərbaycan Sovet Sosialist Respublikasının və onun xüsusi xidmət orqanlarının tarixini əks etdirir. Bu hissənin birinci bölməsində Azərbaycanda Sovet hakimiyyətinin qurulmasından bəhs edilir. Hələ 1920-ci ilin mart ayında V.Lenin S.Ordjenikidzeyə göndərdiyi teleqramda deyirdi: «Bakını tutmaq bizim üçün olduqca vacibdir. Bütün səylərinizi buna yönəldin».

1920-ci il aprel ayının 27-dən 28-nə keçən gecə bolşeviklərin təzyiq və diktəsi ilə Demokratik Azərbaycan Parlamenti son iclasında müəyyən şərtlər nəzərə alınmaqla hakimiyyətin bolşeviklərə  verilməsi ilə bağlı qərar qəbul etdi. 1920-ci il aprelin 28-də 72 minlik XI Qızıl Ordunun hissələri «III Beynəlmiləl» zirehli qatar başda olmaqla Azərbaycanın dövlət sərhədini pozaraq, Bakıya daxil oldu. Həmin gün Moskvaya - V.Leninə şifrələnmiş radioqram göndərildi. Bu Radioqramda Kirov və Ordjenikidze Azərbaycanda Sovet hakimiyyətinin elan olunmasını xəbər vermiş və V.Leninə Azərbaycan xalqını təbrik etməyi məsləhət görmüşlər. Radioqramın sonunda deyilirdi: «Nərimanova geniş səlahiyyətlər verməyin. Ona tam etibar etmək olmaz, o, axıracan bizimki deyil». Buna baxmayaraq, ilk Azərbaycan sovet hökümətini yaratmaq N.Nərimanova tapşırıldı. (hökumətin tərkibi: N.Nərimanov-sədr, Ə.Ə.Alimov, D.X.Bünyadzadə, M.Ə.Hüseynov, Ə.H.Qarayev, T.M.Musabəyov, H.H.Sultanov). Azərbaycanda sovet hakimiyyəti elan edildikdən iki gün sonra Bakıdan Sovet Rusiyasına 1 milyon pud neft və neft məhsulları göndərildi. N.Nərimanov bir hümmətçi kimi elə zənn edirdi ki, bolşeviklər nəinki Azərbaycanı, bütövlükdə Şərqi xilas edəcəklər, lakin az keçməmiş o yanıldığını dərk etdi. Bunu N.Nərimanovun Leninə, Stalinə və oğluna yazdığı məktublar sübut edir. Lakin artıq gec idi. Azərbaycanda hakimiyyətə yiyələndikdən sonra bolşeviklər verdikləri vədə xilaf çıxaraq, XI Qızıl Ordu, Hərbi İnqilab Komitəsi, Xüsusi Şöbə və Azərbaycan Fövqəladə Komissiyasının (FK) silahlı qüvvələri ilə Müsavat və ittihadçılara qarşı mübarizəyə başladılar.
1920-ci il aprelin 29-da Çurayevin başçılığı altında Hərbi İnqilab Komitəsinin qərarına əsaslanaraq əksinqilab, sabotaj, və s. ilə mübarizə məqsədi adı altında Fövqəladə Komissiya yaradıldı. İlk vaxtlar onun xüsusi aparatı yox idi. Mayın 18-də FK XI-ci Qızıl Ordunun tərkibindən çıxarılaraq, müstəqil orqan kimi fəaliyyətə başladı. Bölmədə komissiyanın yerləşdiyi bina, onun ilk rəhbərləri: Baba Əliyev, Əyyub Xanbudaqov, Mir Cəfər Bağırov, Novruz Rizayevin fotoşəkilləri, əsasnaməsi və strukturu təqdim edilir. Maraqlıdır ki, bu şəxslərin hamısı bolşevik hökumətinin yaranmasında və möhkəmlənməsində oynadıqları roldan asılı olmayaraq elə həmin rejimin də qurbanı olmuşlar.

1926-cı il avqust ayının 7-də Azərbaycan Fövqəladə Komissiyası - Dövlət Siyasi İdarəsi adlanmağa başladı. Müvafiq bölmədə Dövlət Siyasi İdarəsinin Azərbaycan Mərkəzi İcraiyyə Komitəsi tərəfindən 8 yanvar 1927-ci ildə təsdiq edilmiş əsasnaməsi, ayrı-ayrı rayon bölmələri, Gəncə, Göyçay, Ucarda banditizmlə mübarizə dəstələri və onların rəhbərlərinin fotoşəkilləri, o dövrü əks etdirən, arxiv materialları, istintaq işləri nümayiş etdirilir.

10 iyul 1934-cü ildə SSRİ Dövlət Siyasi İdarəsi SSRİ Xalq Daxili İşlər Komissarlığı (XDİK) adlandırıldı və onun strukturu təsdiq edildi. Azərbaycanda da 25 iyul 1934-cü ildən xüsusi xidmət orqanları bu cür adlanmağa başladı. Bu bölmədə həmin qurumun strukturu, əsasnaməsi, əməkdaşlarının fotoşəkilləri və fəaliyyəti əks etdirilir. Sonralar Heydər Əliyev o dövrü bu cür səciyyələndirmişdir: «Təhlükəsizlik orqanlarında işləyən adamların tam əksəriyyəti azərbaycanlı deyildi. Kim idi o vaxt NKVD-nin başında duran adamlar? Qriqoryan, Markaryan, Topuridze, Borşov, Yemelyanov... O, illərdə Azərbaycanın başında duran adamlar öz xalqına xəyanət edirdilər. Azərbaycanlılara düşmən olan, ancaq bu orqanlarda yuksək vəzifə tutan adamların əli ilə Azərbaycanın dəyərli insanlarını əzirdilər».

Ekspozisiyanın növbəti bölməsi xalqımızın və təhlükəsizlik orqanlarının tarixində qara səhifə olan 30-cu illərin hadisələrinə həsr edilmişdir. Azərbaycanda Sovet hakimiyyəti bərqərar edildikdən sonra 20-40-cı illəri əhatə edən repressiyalar dövrünün ən dəhşətli mərhələsi məhz 30-cu illərə təsadüf edir. İ.Stalin öz şəxsi hakimiyyətini qoruyub saxlamaq və gücləndirmək məqsədilə XDİK-nin cəza aparatı vasitəsilə cəmiyyətdə nüfuza malik, tərkibində ziyalılar, görkəmli partiya, dövlət xadimləri, təhlükəsizlik orqanlarının əməkdaşları, həmçinin fəhlələr, kolxozçular olan minlərlə insanı məhv etmişdir. XDİK orqanlarının verdiyi məlumata görə, 1934-1939-cu illərdə təkcə Azərbaycanda 27458 min adam repressiya məruz qalmışdır. Müvafiq bölmədə təqdim olunan materiallar - fotoşəkillər, sənədlər, Hüseyn Cavidin Sibirdən son məktubu, Mikayıl Müşviqin həyat yoldaşı Dilbər xanımın məktubu, Dövlət Plan Komitəsinin əməkdaşı Rzahəqqi Şabanovun məktubu - o illərin dəhşətli mənzərəsini yaradır. Faktlar və sənədlər göstərir ki, istintaq prosesləri təzyiq və fiziki işgəncələr altında aparılmışdır. Adətən bütün bu hadisələrin əsas günahkarı kimi yalnız xüsusi xidmət orqanlarının əməkdaşları nəzərdən keçirilir. Bu dövrün reallıqlarına toxunan Heydər Əliyev - «Tarixi olduğu kimi qəbul etmək və olduğu kimi qiymətləndirmək lazımdır. Tarixi təhrif etmək də olmaz, tariximizdəki qara ləkələri, qara səhifələri unutmaq da olmaz» - deyə vurğulayır. Başqa sözlə unutmaq olmaz ki, elə bu orqanların 20 min əməkdaşı da başqaları kimi repressiyalara məruz qalmış, güllələnib, həbs edilmişlər. Bəzilərinin müxtəlif cinayətkar əmrləri yerinə yetirməmək üçün hətta özlərinə qarşı sui-qəsd etməsi ilə əlaqədar faktların mövcudluğu da qeyd olunmalıdır.

Ekspozisiyanın bir bölməsi də Böyük Vətən müharibəsi illərində Azərbaycan xalqının qəhrəmanlığından, rəşadətindən və təhlükəsizlik orqanlarının o illərdəki fəaliyyətindən bəhs edir. Azərbaycanda doğulan və özünü daha çox azərbaycanlı hesab edən Rixard Zorge müharibənin başlanacağı gününü öncədən dəqiqliyi ilə xəbər vermişdir. Azərbaycan müharibənin gedişində dönüşün yaranması və həlledici qələbənin əldə edilməsi üçün maddi, insani və  digər resurslarını əsirgəmədi. Azərbaycanın oğul və qızları cəbhələrdə şücaət göstərərək qəhrəmanlıq zirvəsinə ucaldı.  75 milyon ton neft, 22 milyon ton benzin, 130 növ silah istehsal edilərək cəbhəyə göndərilmişdir.

Təhlükəsizlik orqanlarının bir çox əməkdaşları - o cümlədən Əbdül Əliyev, Fərhad Əliyev, Həcər Babayeva, Əbdülsəlam Hacıyev və b. cəbhəyə yollanmış, gizli döyüş meydanında vuruşanlar isə almanların müxtəlif kəşfiyyat məktəblərini (Auşviq, Lükenvald, Zamberq, Tavel, Teppel) və 200-dən artıq təmsilçisini aşkara çıxararaq həbs etmişlər. Alman kəşfiyyatının sovet ordusunun arxa cinahına göndərilmiş 37 əməkdaşı və Azərbaycan ərazisinə göndərilmiş 28 təxribatçısı həbs edilmişdir. Sovet Ordusu İrana daxil olduqdan sonra, Azərbaycan xüsusi xidmət orqanlarının əməkdaşları tərəfindən İranda alman-faşist kəşfiyyatının 20 əməkdaşı ifşa edilmişdir. Bölmədə həmin dövrə aid  orden və medallar, qəzetlər, silah və s. sənədlərlə tanış olmaq mümkündür.

Ekspozisiyanın mühüm hissəsi ümummilli liderimiz Heydər Əlirza oğlu Əliyevin təhlükəsizlik orqanlarında çalışdığı, bu orqanlara və Respublikaya rəhbərlik etdiyi dövrü əhatə edir. Azərbaycan sovet təhlükəsizlik orqanlarının fəaliyyətinin müvafiq mərhələsini səciyyələndirən Heydər Əliyev belə qeyd etmişdir: «Bu orqanın tarixi nə qədər ağır, mürəkkəb, nə qədər çətindir... 1953-54-cü illərdən sonra Azərbaycanda Dövlət Təhlükəsizliyi sistemində çox dəyərli işlər görülmüş, dəyərli azərbaycanlı kadrlar yetişmiş, və bir çox insanların yetişməsi və formalaşmasında bu orqanın çox xidməti olmuşdur». Bu mənada, Heydər Əliyevin fəaliyyəti ölçüyəgəlməzdir. Onun Azərbaycan dövlət təhlükəsizlik komitəsində müxtəlif rəhbər vəzifələrdə çalışdığı illərdə  müvafiq orqanlara milli kadrların cəlb olunması, onların yetişdirilərək məsul vəzifələrə irəli çəkilməsi məsələsinə xüsusən önəm verilməyə başladı.

1950-ci ildə Naxçıvandan Bakıya gəlmiş və Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsində işə başlamış, leytenant rütbəsindən general-mayor rütbəsinədək, sıravi işçidən DTK-nın sədri vəzifəsinədək böyük və şərəfli yol keçmiş Heydər Əliyevin fəaliyyəti təhlükəsizlik orqanlarının gələcək nəsli üçün də bir örnəkdir. Heydər Əliyev 1939-cu ildə Naxçıvan pedaqoji məktəbini əla qiymətlərlə bitirdikdən sonra bir müddət Naxçıvan Nazirlər Sovetində çalışmışdır. 1944-cü ildə o, Naxçıvan Muxtar Respublikası Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinə ərizə ilə müraciət edərək, DTK-nın məktəblərindən birinə oxumağa göndərilməsini xahiş etmişdir. 1945-ci ildə leytenant Əliyev Bakıda xüsusi ixtisasartırma kurslarında əla qiymətlərlə oxuyub, Naxçıvana qayıdaraq təhlükəsizlik orqanlarında çalışmağa başlamışdı. 1948-ci ildə baş leytenant Heydər Əliyev DTK-nın o vaxtkı sədri Yemelyanovun əmri ilə Sovet Ordusu və Donanmasının 30 illik yubileyi münasibətilə yubiley medalı ilə təltif edildi.
1949-50-ci illərdə Heydər Əliyev Leninqradda DTK-nın Ali Məktəbində təhsilini əla qiymətlərlə başa vurduqdan sonra, Bakı şəhərinə qayıtmış, təhlükəsizlik orqanlarında fəaliyyətini davam etdirmişdir. 1956-cı ildən kapitan Heydər Əliyev Azərbaycan SSR DTK-da şöbə rəisinin müavini vəzifəsinə təyin edilmişdir. Məhz bu illərdə onun bilavasitə rəhbərliyi və iştirakı ilə «Duel», «Alagöz», «Naturalist» və digər  əməliyyatlar həyata keçirilmişdir. Muzeydə əməliyyatlarla bağlı sənədlər, şəkillər və digər məlumatlar təqdim edilir. Müvafiq bölmədə Heydər Əliyevin DTK-da buraxılan məcmuələrdəki çıxışlarından da nümunələr verilir. Təhlükəsizlik orqanlarında qüsursuz fəaliyyətinə görə Heydər Əliyev həm Respublika, həm də İttifaq səviyyəsində DTK rəhbərliyi tərəfindən dəfələrlə təltif olunmuşdur.

1966-cı ildə polkovnik Heydər Əliyev Moskvada Dzerjinski adına DTK-nın Ali Məktəbində oxumuş və oranı əla qiymətlərlə bitirdikdən sonra Azərbaycan Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsində fəaliyyətini davam etdirmişdir. 1967-ci ildən o, bu qurumun sədri vəzifəsinə irəli çəkilmiş və Y.V.Andropovun təqdimatı ilə general-mayor rütbəsinə layiq görülmüşdür.

Muzeyin müvafiq bölmələrində Heydər Əliyevlə birlikdə çalışmış məsləkdaşları - Ziya Yusif-zadə, Vitali Krasilnikov, Niyazi Cəfərov, Əbdül Xalıqov və başqaları ilə çəkilmiş foto-şəkillər, birlikdə keçirdikləri «Sportsmen», «Vırodok», «Erməni millətçiləri» əməliyyat işləri ilə bağlı sənədlər nümayiş etdirilir. Ekspozisiyada, həmçinin, erməni millətçiləri tərəfindən Dağlıq Qarabağda azərbaycanlılara qarşı törədilən qanlı cinayətlər, 1967-cı ildə Xankəndidə 3 azərbaycanlının  qətlə yetirilməsi barədə məlumat verilir. Sonralar Heydər Əliyev bu məsələ ilə bağlı söyləmişdir: «Dağlıq Qarabağ problemi çətin problem idi. Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsində də, respublikanın başçısı olanda da bu problemi daim diqqət mərkəzində saxlayırdım. Biz orada gedən proseslərə nəzarət edirdik və imkan vermirdik ki, ayrı-ayrı separatçı qüvvələr baş qaldırsın, yaxud bir iş görsün». Təəssüf ki, Heydər Əliyevin Respublikaya rəhbərlik etmədiyi müddətdə bu məsələ nəzarətsiz qaldı və maraqlı qüvvələr bundan məharətlə istifadə etdi.

  Bu bölmədə həmçinin general-mayor Heydər Əliyevin 1968-ci ildə Kiyevdə DTK-nın 204 saylı məktəbində oxuduğu məruzənin üz qabığı, onun imzaladığı sənədlərlə də tanış olmaq mümkündür. 1969-cu ildə Heydər Əliyev Azərbaycan KP MK-nın birinci katibi seçilmiş və onu komitə sədri vəzifəsində müavini V. Krasilnikov əvəz etmişdir. Bu münasibətlə SSRİ DTK-nın sədri Yuri Andropovun əmri ilə Heydər Əliyev orqanlarda çoxillik qüsursuz fəaliyyətinə görə təşəkkürnamə və qiymətli hədiyyə ilə təltif edilmişdir.

Növbəti bölmədə 1969-cu il iyulun 14-də Azərbaycan KP MK-nın birinci katibi seçilmiş Heydər Əliyevin 70-ci illərdəki fəaliyyətindən bəhs olunur. Bu dövrdə respublikaya rəhbərlik edən Heydər Əliyev DTK-nın fəaliyyətini də daim diqqətdə və nəzarətdə saxlamışdır. Onun dəstəyi ilə məsləkdaşları - Arif Heydərov, Ziya Yusif-zadə, Əbdül Xalıqov, Bahadur Hüseynov və başqaları xalqımıza, dövlətimizə və dövlətçiliyimizə zərbə vuran cinayətkar subyektlərə qarşı ciddi mübarizə aparırdı. Bu haqda bölmədə nümayiş etdirilən «Moşennik», «Aksionerlər», «Xitrıy» və sair əməliyyatların sənədləri xəbər verir.

  Heydər Əliyevin adı ilə bağlı olan təhlükəsizlik orqanının yeni binasının tikilməsini əks etdirən materiallara bölmədə müəyyən yer verilmişdir. Heydər Əliyevin sözlərilə desək: «Bu bina böyük bir memarlıq abidəsidir, Bakı şəhərini gözəlləşdirən binadır və Azərbaycan xalqına bundan sonra əsrlər boyu xidmət edəcəkdir».

Bölmədə 1950-1985-ci illər ərzində Azərbaycan DTK-nın zabit heyətinin milli tərkibini göstərən diaqram diqqəti cəlb edir. Diaqramdan göründüyü kimi, 50-ci illərdə DTK-da çalışan zabitlərin əksəriyyətini ruslar və ermənilər təşkil edirdi. Lakin tədricən bu vəziyyət dəyişmiş və 1985-ci ildə digər millətlərdən olan əməkdaşların sayı xeyli azalmış, azərbaycanlıların sayı isə çoxalmışdır. Bu məsələdə Heydər Əliyevin böyük rolu olmuşdur. Onun fikrincə: «Kadr yetişdirmək böyük vaxt, böyük zəhmət tələb edir. Mən burada, DTK-da işlədiyim zaman da, Azərbaycanın rəhbəri olduğum zaman da, çalışmışam ki, milli kadrlar yetişdirək».

«Bizim vəzifəmiz Azərbaycanın dövlət müstəqilliyini, milli azadlığını qoruyub saxlamaq və onu gələcək nəsillərə çatdırmaqdan ibarətdir» - ekspozisiyanın növbəti bölməsi bu sözlərin müəllifi, Ümummilli Liderimiz Heydər Əliyevin Respublikaya başçılıq etdiyi 80-ci illərin əvvəllərini əks etdirir. Bölmədə verilmiş çoxsaylı materiallar - fotoşəkillər, sənədlər, kitablar Heydər Əliyevin başçılığı ilə respublikada gedən böyük quruculuq işlərindən, bütün sahələrdə qazanılmış nəzərəçarpacaq uğurlardan, nailiyyətlərdən, qələbələrdən xəbər verir. Həmçinin bu illərdə DTK əməkdaşlarının həyata keçirdikləri  «Qacar», «Portnoy», «Şantajist», «Burov» və s. əməliyyatlardan məlumat verilir.

Bu bölmədə Stalin repressiyalarının qurbanı olmuş 42 mindən çox Azərbaycan vətəndaşının 1954-1996-cı illərdə tam bəraət almasından və Azərbaycan ədəbiyyatının klassiki Hüseyn Cavidin nəşinin 1982-ci ildə uzaq Sibirin Tayşet vilayətinin Şevçenko kəndindən vətənə gətirilməsindən də bəhs olunur. Əlbəttə ki, Cavidin nəşinin vətənə gətirilməsi, doğma Naxçıvan torpağında dəfn olunması və onun qəbri üzərində 1996-cı ildə əzəmətli məqbərənin ucaldılması məhz Heydər Əliyevin tarixi xidmətidir. H.Cavid yaradıcılığını gözəl bilən, onu yüksək qiymətləndirən Heydər Əliyev düzgün hesab edirdi ki: «Ədəbiyyatı, mənəviyyatı, mədəniyyəti, musiqini, tarixi yaxşı bilməyən adam peşəkar təhlukəsizlik işçisi ola bilməz. Əgər belə olmasa, o ağı qaradan, pisi yaxşıdan, cinayəti səhvdən, səhvi cinayətdən ayıra bilməz».

Mixail Qorbaçovun 1985-ci ildə hakimiyyətə gəlişindən sonra həyata keçirilməyə başlanan «yenidənqurma» siyasəti ermənilərə çoxdan bəri nəzərdə tutduqları fitnəkar niyyətlərinin gerçəkləşməsi üçün əlverişli fürsət verdi. Əsrin əvvəllərində olduğu kimi yenə də milli münaqişəyə rəvac verildi və Azərbaycan torpaqları hesabına sərsəm Böyük Ermənistan ideyasının reallaşması üçün şərait yaradıldı. Erməni millətçiləri 1988-ci ilin fevralında tarixi Azərbaycan torpağı olan Dağlıq Qarabağın ölkəmizin tərkibindən çıxarılıb Ermənistanın tərkibinə ilhaq edilməsi haqqında qərar qəbul etdi. Soydaşlarımıza qarşı həyata keçirilən etnik təmizləmə və deportasiya siyasəti nəticəsində 200 mindən çox azərbaycanlı Ermənistandan, doğma yurd-yuvalarından qovuldu. Dağlıq Qarabağda, onun ətrafında, Bakıda erməni terrorçuları tərəfindən qanlı cinayətlər törədildi - yollar, qatarlar, avtobuslar partladıldı, günahsız insanlar - uşaqlar, qadınlar, qocalar  vəhşicəsinə qətlə yetirildi. 1 milyondan artıq soydaşımız hələ də təcavüzkar separatçılığın qurbanı olaraq qaçqınlıq taleyi yaşayır.

Həmin ilin avqust ayında DTK-nın sədri vəzifəsinə İvan Qorelovski təyin olundu və o vaxtdan da DTK orqanlarında yeni, faciəli bir dövr başlandı. Heydər Əliyev çox doğru olaraq bu dövrü belə səciyyələndirmişdir: «Qorelovski və onunla birgə Azərbaycan xalqını Qarabağ məsələsində məğlubiyyətə gətirən, ətrafına toplaşan yaltaqlar bu orqanı dağıtmağa başladılar».

Bunlar azmış kimi, 1990-cı ilin yanvarın 19-dan 20-nə keçən gecə Bakını və azərbaycanlıları əsassız olaraq erməni qırğınlarında suçlandıran mərkəzi hökumət Azərbaycan xalqının güclənməkdə olan milli-azadlıq hərəkatını yatırmaq üçün Bakıya sovet qoşun hissələri yeritdi. Bu açıq hərbi təcavüz aktı nəticəsində Bakıda və rayonlarda 131 nəfər öldürüldü, 744 nəfər yaralandı, 841 nəfər qanunsuz həbs edildi. Azərbaycan xalqı hamılıqla səfərbər olaraq öz ölkəsinin vətəndaşlarına münasibətdə dövləti cinayət törətmiş mərkəzi hökumətə qarşı kütləvi şəkildə etirazını bildirdi, Azərbaycanı vətəndaş itaətsizliyi dalğası bürüdü. Bu cinayətə ilk siyasi qiymət Azərbaycanın Moskvadakı daimi nümayəndəliyində Ümumilli Liderimiz Heydər Əliyev tərəfindən verildi.

Bölmədə verilmiş xronikadan görünür ki, 1989-1994-cü illər ərzində həyata keçirilən təxribatlar, partlayışlar və s. nəticəsində  Azərbaycanda  2 min Azərbaycan vətəndaşı qətlə yetirilmişdir.