1991-ci ildə SSRİ-nin süqutundan sonra Azərbaycan xalqı özünün dövlət müstəqilliyini yenidən bərpa etdi. 1991-ci il avqustun 30-da Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin növbədənkənar sessiyasında Dövlət müstəqilliyi haqqında Bəyannamə, həmin il oktyabr ayının 18-də isə Dövlət Müstəqilliyi haqqında Konstitusiya Aktı qəbul edildi. 1991-ci il noyabrın 1-də Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi yaradıldı. Qeyd etməliyik ki, dəyişən yalnız təhlükəsizlik orqanının adı deyil, ilk növbədə bu dövlət qurumunun qarşısında duran vəzifələrin məzmunu və mahiyyəti idi.
1991-1993-cü illərdə erməni qəsbkarlarının Azərbaycanın ərazi bütövlüyünə qarşı hərbi təcavüzü nəticəsində ərazimizin 20 faizi, o cümlədən Dağlıq Qarabağ bölgəsi və onun ətrafında 7 rayon - Laçın, Kəlbəcər, Ağdam, Füzuli, Cəbrayıl, Qubadlı, Zəngilan işğal olundu. Bölmədə verilən fotoşəkillər, sənədlər, müxtəlif materiallar Xocalı soyqırımından, minlərlə azərbaycanlının doğma torpaqlarından qovulmasından, bir milyon qaçqının çadır şəhərciklərində məskunlaşmasından, saysız-hesabsız təxribatlardan xəbər verir. Bu dövrdə MTN əməkdaşları həm ön, həm də arxa cəbhədə vuruşmuş, Xatkovski, Volkov, Sarkisyan kimi təxribatçıları zərərsizləşdirərək yüzlərlə günahsız insanın həyatını xilas etmişlər.

Müstəqilliyin ilk illərində dövlət quruculuğu sahəsində yol verilən nöqsanlar, mərkəzləşdirilmiş dövlət siyasətinin yürüdülməməsi Azərbaycanı dövlət kimi parçalanmaq təhlükəsi qarşısında qoydu. Tarixi təcrübə göstərir ki, hər bir dövlətin müstəqillyinin ilk illərində sabit inkişafa xidmət edən düzgün siyasi xəttin müəyyən olunması üçün idarəetmə sükanı arxasında çoxillik dövlətçilik səriştəsinə malik liderin olması zəruridir. Məhz bu tarixi zərurəti dərk edən xalqımızın dəvəti ilə 1993-cü il iyun ayının 9-da görkəmli şəxsiyyət Heydər Əliyev Bakıya gəldi və tariximizin bu çətin dönəmində dövlətə rəhbərlik kimi məsuliyyətli vəzifəni öz üzərinə götürdü. 1993-cü il oktyabrın 3-də Heydər Əliyev ümumxalq səsverməsi yolu ilə Azərbaycan Respublikasının prezidenti seçildi. Dövlətçiliyin qorunması hakimiyyətin bütün qollarının ahəngdar fəaliyyətinin təmin olunmasını, ölkənin sabit inkişafını şərtləndirən qanunverici hüquqi bazanın mövcudluğunu, cəmiyyətin müxtəlif təbəqələrinin dövlətçilik ətrafında sıx birləşməsini, ölkənin maraqlarının beynəlxalq aləmdə layiqincə təmsil olunmasını əhatə edir. Məhz Ümummilli Liderimiz Heydər Əliyev öz əməli fəaliyyəti ilə bu sadalananların təmin olunmasına nail oldu.

Ekspozisiyanın növbəti bölməsi Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin 1995-1997-ci illər ərzində fəaliyyətini əks etdirir. Burada çoxsaylı sənədlər, fotoşəkillər, əşyayi-dəlillər sərgilənir, dövlətçiliyimizin, müstəqilliyimizin, milli təhlükəsizliyimizin möhkəmləndirilməsi, ölkədə sabitliyin və qanunçuluğun təmin olunması yolunda nazirlik əməkdaşlarının fəaliyyəti işıqlandırılır. Cəsarətlə demək olar ki, Ermənistanın xüsusi xidmət orqanlarının, eləcə də bir sıra xarici ölkə kəşfiyyat xidmətlərinin Azərbaycana qarşı terrorçu, təxribatçı, separatçı əməllərinin vaxtında aşkar olunub zərərsizləşdirilməsində, müstəqil Azərbaycanın dövlət təhlükəsizliyinin təmin edilməsində bu nazirliyin üzərinə böyük məsuliyyət düşür. Ölkədə dövlət çevrilişi cəhdlərinin, prezidentə qarşı sui-qəsdlərin, dövlətçiliyimiz əleyhinə yönəlmiş təxribatların, «Sadval» təşkilatının, «Talış-Muğan» separatizminin, casusluq fəaliyyəti ilə məşğul olan müxtəlif subyektlərin pozucu əməllərinin və s. bu kimi halların qarşısının alınması dediklərimizə əyani sübutdur. Bu dönəmdə cəmiyyətin və dövlətin azərbaycançılıq və milli birlik ideyası ətrafında sıx birləşməsi Azərbaycanı parçalamaq niyyətində olan daxili və xarici qüvvələrin pozucu fəaliyyətinə son qoydu. Qeyd olunmalıdır ki, nazirlik əməkdaşlarının əməyi dəfələrlə ölkə rəhbərliyi tərəfindən layiqincə qiymətləndirilmiş, onlar müxtəlif orden və medallarla təltif olunmuşlar. 23 mart 1997-ci ildə Prezident Heydər Əliyevin fərmanı ilə 28 mart  MTN əməkdaşlarının peşə bayramı günü kimi təsis edilmişdir. 28 mart 1999-cu ildə təhlükəsizlik orqanlarının 80 illik, 28 mart 2004-cü ildə isə 85 illik yubileyləri təntənəli şəkildə qeyd edilmişdir.

Bölmələrdə həmçinin Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin son illərdəki fəaliyyəti, ümummilli liderimiz Heydər Əliyevin, eyni zamanda, ölkə Prezidenti İlham Əliyevin nazirliyin kollektivi ilə keçirdikləri görüşlərə dair materiallarla tanış olmaq mümkündür. Qeyd olunmalıdır ki, MTN əməkdaşlarının ölkədəki cinayətkar subyektlərə qarşı mübarizəsi və fəaliyyəti Ümummilli Liderimiz Heydər Əliyev tərəfindən daim yüksək qiymətləndirilmişdir.
Bu bölmədə həmçinin dövlət başçıları - Heydər Əliyevin, İlham Əliyevin və MTN rəhbərlərinin xarici səfərləri, müxtəlif dövlətlərin nümayəndə heyətləri ilə görüşləri işıqlandırılır. Burada xüsusi xidmət orqanlarının 85 illik yubileyi ilə əlaqədar Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin Fərmanı, onun MTN-nin bir qrup əməkdaşının orden və medallarla təltif olunması haqqında sərəncamı, yubiley iştirakçılarının ölkə başçısına müraciəti və digər materiallar təqdim olunur.
Muzeydə həmçinin Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin beynəlxalq əlaqələrindən bəhs edən materiallar da sərgilənir. Son illər MTN beynəlxalq əlaqələrinin genişlənməsinə xüsusi diqqət yetirir. Müvafiq əlaqələr əsasən beynəlxalq terrorizmə, narkotik maddələrin qanunsuz dövrüyyəsinə və mütəşəkkil cinayətkarlığın digər növlərinə qarşı fəaliyyətin əlaqələndirilməsi və birgə mübarizə tədbirlərinin keçirilməsini əhatə edir.