Milli Təhlükəsizlik Nazirliyində «Müstəqillik, dövlətçilik, milli təhlükəsizliyin keşiyində» Muzeyinin açılışı 28 iyun 1997-ci ildə Ümummilli Liderimiz Heydər Əliyev tərəfindən həyata keçirildi MTN-də muzeyin yaradılması təşəbbüsü Azərbaycan Təhlükəsizlik orqanlarının yaranma tarixi, onun fəaliyyətinin işıqlandırılmamış səhifələri barədə ictimaiyyətin məlumatlandırılması məqsədilə ilk dəfə Heydər Əliyev tərəfindən irəli sürülmüşdür.
Təhlükəsizlik orqanlarının 85 illik yubileyi ilə əlaqədar muzeyin sahəsi genişləndirildi, yeni ekspozisiya və eksponatlarla zənginləşdirildi. MTN-in inzibati binasında yerləşən muzey 2 böyük zaldan və 5 iş otağından ibarətdir. Muzey Azərbaycanın təhlükəsizlik orqanlarının formalaşması və inkişafı mərhələlərini, həmçinin tariximizin XX əsr dövrünü əks etdirən arxiv materialları, orijinal sənədlərlə zəngindir. Muzeydə Azərbaycan təhlükəsizlik orqanlarının fəaliyyətinin mənfi və müsbət tərəfləri, dövlətçiliyimizin qurulması və inkişafı istiqamətində əldə edilən uğurlarla yanaşı, qüsurlar da əksini tapmışdır.

İctimaiyyətin  nümayəndələri - yazıçılar, elm xadimləri, jurnalistlər bir çox kitabların, elmi işlərin, məqalələrin meydana çıxmasında muzeyimizdəki materiallardan bəhrələnmişlər.

Muzeydə Azərbaycan xüsusi xidmət orqanlarının fəaliyyətini əks etdirən eksponatlar və materallar 3 hissədə nəzərdən keçirilə bilər: