Narkotiklərin qanunsuz dövriyyəsi hazırda bütün bəşəriyyətin gələcəyini təhdid edən transmilli mütəşəkkil cinayətkarlığın əsas növlərindən biridir. Narkobiznesdən əldə olunan gəlirlərin digər transmilli cinayətlərin, eləcə də terrorçuluğun maliyyələşdirilməsinə və törədilməsinə yönəldilməsi onun təhlükəlilik dərəcəsini daha da artırır. Ölkəmiz üçün bu təhdid əsasən, işğal altında olan ərazilərimizdən və tranzit daşımaların mövcudluğundan irəli gəlir. Ermənistan tərəfindən işğal olunmuş Dağlıq Qarabağ və ətraf ərazilərdə – milli və beynəlxalq yurisdiksiyadan kənar «boz zonalar»da narkotiklərin becərilməsi, emalı və daşınması, habelə bunun qarşısının alınması məqsədilə beynəlxalq ictimaiyyətin səylərini artırmasının zəruriliyi barədə Azərbaycan Respublikası tərəfindən dəfələrlə bəyanatlar səsləndirilmişdir.
Son dövrlər narkotiklərin qanunsuz dövriyyəsinə qarşı mübarizə işi gücləndirilmiş, transmilli, mütəşəkkil cinayətkar dəstələrin İran-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ-İran-Azərbaycan, İran-Azərbaycan-Rusiya-Yaponiya, İran-Azərbaycan-Gürcüstan-Avropa marşrutları ilə narkotiklərin daşınması hallarının aşkarlanması üzrə məqsədyönlü iş davam etdirilmiş, cinayətkarlardan külli miqdarda narkotik vasitələr götürülmüşdür. Milli Təhlükəsizlik Nazirliyi tərəfindən 2004-2006-сı illər ərzində ölkə ərazisindən tranzit daşınması planlaşdırılan 400 kiloqrama yaxın müxtəlif növ narkotiklər (heroin, həşiş, tiryək və s.) aşkar edilərək qanunsuz dövriyyədən çıxarılmışdır. 2007-ci ildə (ilin ilk 9 ayı ərzində) narkotik maddələrin qanunsuz dövriyyəsi ilə mübarizədə 17 mütəşəkkil dəstənin və ayrı-ayı şəxslərin əməllərinin qarşısı alınmışdır. Onlardan 24 kiloqram 873 qram heroin, 308 kiloqram 215 qram həşiş, 4 qram tiryək, habelə 3 ədəd AKSU markalı avtomat silah, 80 ədəd 7,62 çaplı avtomat gülləsi, 6 ədəd PM gülləsi aşkarlanaraq götürülmüşdür. Faktlarla bağlı 17 cinayət işi başlanılmış, ümumilikdə 68 nəfər (61 AR, 6 İİR, 1 GR vətəndaşı) istintaqa təqdim olunmuşdur.

Nazirlik, eyni zamanda müxtəlif mal və əşyaların qanunsuz dövriyyəsinə, xüsusilə də strateji xammalın, ikili təyinatlı maddələrin, maddi və  mədəni sərvətlərin, insan orqanizmi üçün zərərli məhsulların qaçaqmalçılığına qarşı da səmərəli mübarizə aparır.

2007-ci ildə mütəşəkkil cinayətkar dəstələr tərəfindən Gürcüstan-Azərbaycan-İran marşrutu ilə hərbi ləvazimat və dərman preparatlarının daşınmasının, Azərbaycan Respublikasının müxtəlif dövlət obyektlərindən əlvan metalların toplanıb Rusiyaya göndərilməsinin eləcə də, İrandan ölkəmizə külli miqdarda dərman preparatları və psixotrop maddələrin gətirilməsinin qarşısı alınmışdır. 4 fakt üzrə cinayət işi qaldırılmış, 24 nəfər istintaqa təqdim olunmuşdur.

2007-ci il ərzində narkotik maddələrin qanunsuz dövriyyəsi ilə mübarizədə 5 transmilli və 18 mütəşəkkil dəstənin əməllərinin qarşısı alınmışdır. Onlardan cəmi 496 kq 857 qr narkotik vasitə, o cümlədən 168 kq 698 q heroin, 328 kq 154 qr həşiş, 4 qr tiryək, habelə 2 ədəd avtomat silahı və güllələr aşkarlanaraq götürülmüşdür.
Faktlarla bağlı 22 cinayət işi başlanmış, ümumilikdə 82 nəfər, o cümlədən 11 nəfər əcnəbi cinayət məsuliyyətinə cəlb olunmuşdur.
2008-ci ilin 6 ayı ərzində narkotiklərin qanunsuz dövriyyəsi ilə bağlı 13 cinayət işi açılmış 38 nəfər, o cümlədən 4 əcnəbi cinayət məsuliyyətinə cəlb olunmuş, ümumilikdə 337 kq 991 qr (54 kq 299 qr heroin, 241 kq 647 qr həşiş və 42 kq 044 qr tiryək) narkotik vasitə qanunsuz dövriyyədən çıxarılmışdır.
2007-ci il ərzində keçirilmiş əməliyyat tədbirləri nəticəsində bir neçə mütəşəkkil cinayətkar dəstənin fəaliyyətinin qarşısı alınmış, 6 fakt üzrə cinayət işi qaldırılmış, bir neçə şəxs saxlanılmış, müxtəlif növ mallar (qara balıq kürüsü, hərbi ləvazimat, dəyəri 8379 ABŞ dolları təşkil edən strateji əhəmiyyətli metallar, 38600 manat dəyərində olan tarixi, elmi, bədii və muzey əhəmiyyəti kəsb edən müxtəlif əşyalar, külli miqdarda psixotrop maddə, dərman preparatları və tibbi ləvazimatlar, qurudulmuş spirt) müsadirə edilmişdir.